***蛋白質デザインへの動力学的アプローチ [#e69da265]
 
 時田恵一郎(阪大)、菊池誠(阪大)、伊庭幸人(統数研)
 
 '''Progress of Theoretical Physics Supplement''', ''138'' (2000) 378-383.
 
 蛋白質等のヘテロ高分子をデザイン(=与えられた立体構造を安定に保つようなアミノ酸配列を探す)する新しい方法を提案する。ここでは、フォールディング温度以下での有限温度において、目的のターゲット構造の出現確率(自由エネルギー)を最大化するという、KuroskyとDeutschによる設計基準を基礎とする。モノマー変数をソフトスピン表示することによって、決定論的な「デザイン方程式」が導かれる。本手法の利点は、モノマー変数が並列的に時間発展することによる収束の速さである。最近の統計力学的なデザイン手法を外接し、一般化されたHPモデルに本手法を適用して、アミノ酸配列空間中でのシミューレーテッド・アニーリングと効率(正解へ到達する割合を律速となる計算ステップ数で割ったもの)を比較した結果を報告する。
 蛋白質等のヘテロ高分子をデザイン(=与えられた立体構造を安定に保つようなアミノ酸配列を探す)する新しい方法を提案する.ここでは,フォールディング温度以下での有限温度において,目的のターゲット構造の出現確率(自由エネルギー)を最大化するという,KuroskyとDeutschによる設計基準を基礎とする.モノマー変数をソフトスピン表示することによって、決定論的な「デザイン方程式」が導かれる.本手法の利点は,モノマー変数が並列的に時間発展することによる収束の速さである.最近の統計力学的なデザイン手法を概説し,一般化されたHPモデルに本手法を適用して,アミノ酸配列空間中でのシミューレーテッド・アニーリングと効率(正解へ到達する割合を律速となる計算ステップ数で割ったもの)を比較した結果を報告する。
 
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 日本語報告書
 
 時田恵一郎「蛋白質のデザインおよび進化:生命と物質の間のボトルネックを抜ける」
 
 「複雑な多谷ポテンシャル上で生起する動力学的諸問題 -力学的決定性と統計性の中間領域を探る- 第1回」研究会
 
 物性研究 , ''76''-1 (2001-4) pp.134-145 [&ref(Nara2000KT2.pdf);]

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