蛋白質デザインへの動力学的アプローチ

時田恵一郎(阪大)、菊池誠(阪大)、伊庭幸人(統数研)

Progress of Theoretical Physics Supplement, 138 (2000) 378-383.

蛋白質等のヘテロ高分子をデザイン(=与えられた立体構造を安定に保つようなアミノ酸配列を探す)する新しい方法を提案する。ここでは、フォールディング温度以下での有限温度において、目的のターゲット構造の出現確率(自由エネルギー)を最大化するという、KuroskyとDeutschによる設計基準を基礎とする。モノマー変数をソフトスピン表示することによって、決定論的な「デザイン方程式」が導かれる。本手法の利点は、モノマー変数が並列的に時間発展することによる収束の速さである。最近の統計力学的なデザイン手法を外接し、一般化されたHPモデルに本手法を適用して、アミノ酸配列空間中でのシミューレーテッド・アニーリングと効率(正解へ到達する割合を律速となる計算ステップ数で割ったもの)を比較した結果を報告する。


日本語報告書

時田恵一郎「蛋白質のデザインおよび進化:生命と物質の間のボトルネックを抜ける」

「複雑な多谷ポテンシャル上で生起する動力学的諸問題 -力学的決定性と統計性の中間領域を探る- 第1回」研究会

物性研究 , 76-1 (2001-4) pp.134-145 [fileNara2000KT2.pdf]


添付ファイル: fileNara2000KT2.pdf 3214件 [詳細]

© Copyright 2013 Kei Tokita, Powered by Pukiwiki.  Last-modified: Sun, 23 Jun 2013 13:50:21 JST (1999d)   リロード   新規 編集 凍結 差分 添付 複製 改名   トップ 一覧 検索 最終更新 バックアップ   ヘルプ   最終更新のRSS